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电子支票的运作类似于传统支票。顾客从他们的开户银行收到数字文档（电子支票），并为每一个付款交易输入付款数目、货币类型以及收款人的姓名。为了兑现电子支票，付款人和收款人都必须对支票进行签名。收款人将支票拿到银行进行兑现，银行验证无误后向商家兑付或转账，然后银行又将支票送回给付款人。
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电子支票的支付一般是通过专用网络、设备、软件及一套完整的用户识别、标准报文、数据验证等规范化协议完成数据传输，从而控制安全性。这种方式已经较为完善。电子支票支付现在发展的主要问题是今后将逐步过渡到公共互联网络上进行传输。电子资金转账（Electronic Fund Transfer，EFT）或网上银行服务（Internet Banking）方式，是将传统的银行转账应用到公共网络上进行的资金转账，一般在专用网络上应用具有成熟的模式（例如SWIFT系统）。尽管电子支票可以大大节省交易处理的费用，但是，对于在线支票的兑现，人们仍持谨慎的态度。电子支票的广泛普及还需要有一个过程。
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