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系统的总体结构是指整个系统由哪些部分组成，以及各部分在物理上、逻辑上的相互关系，包括硬件和软件两大部分。系统设计首先要确定系统的总体布局，即系统的软、硬件资源和数据资源在空间上的分布特征，一般包括以下几种方案可以选择。
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集中式系统：是指把设备、软件资源、数据集为一体的集中管理系统。如，单机处理系统，主机终端分时系统（终端无处理能力），主机-智能终端系统（终端有处理能力）。这种系统优点是管理与维护控制方便、安全保密性较好、人员集中使用、资源利用率高。主要缺点是应用范围与功能有限，可变性、灵活性、开扩展性差。
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分布式系统：是指把整个系统分成若干个在地理位置上分散设置、在逻辑上具有独立处理能力，但在统一的工作规范、技术要求和协议指导下进行工作、通信和控制的相互联系且资源共享的子系统。这种系统优点是：资源分散管理与共享使用，主机压力小，与应用环境配合较好，各个节点机具有一定的独立性和自治性，可变性、灵活性、开扩展性好。主要缺点是：安全性较差，由于地理上的分散，系统维护难度较高，管理工作负担较重。
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数据存储——是分布式存储还是集中式存储，数据量大小，采用何种存储方式，是数据文件还是数据库管理系统等。
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计算机系统——包括硬件设备类型、性能价格指标、工作方式，软件系统的配置情况，用户培训计划，系统技术支持可靠性，系统可扩展性，系统经济成本等等。
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系统用户要对以上问题与系统设计人员进行充分讨论和论证，提出意见和建议，并最终达成共识。
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