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信息系统工程计量是价款结算的基础，实际工作中工程计量有下面两种情况。
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（1）由承建单位负责工程计量，并提供计量工作的记录正本和计算结果，经监理工程师和驻地工程师定期检查确认。
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（2）如由监理工程师负责工程记录，则承建单位必须提供有关资料，监理工程师做现场设有工程计量，由承建单位审阅，作为施工付款的依据。
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（1）按工程标志性任务完成结算。由于信息系统软件工程的单件性特点，软件工程的阶段计量的困难，以及阶段的计量通常没有实际意义，因此根据信息系统工程开发的特点，按工程标志性任务的实现来支付结算。软件工程款的结算通常采用预付款、初验款和终验款的方式来进行，每个阶段按合同约定的比例进行支付。
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（2）按设备款与工程款分别结算。这种工程价款结算方法通常可以通过工程合同规定设备采购预付款比例，到货验收合格付款比例，以及硬件安装、网络安装调试完毕并试运行合格后付款比例，在整个工程完工验收后进行竣工结算。
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（3）按月结算。工程实施阶段实行半月、月或分次预支部分工程款，工程完工后进行清算的方法。预支款参照阶段工程预计累积成本，阶段工程进度报表和付款比例，由监理审核、建设单位核实后支付。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。这种结算方法对于软件工程来说虽然不一定适用，但在硬件工程安装或网络布线等工程项目中有借鉴意义。
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为了有效控制承建单位的工程实施质量，不论采用何种工程价款结算办法，都应保留一定的尾工款，待工程竣工后凭竣工结算单据最后结算。在信息系统工程中，可以采用初验用和终验收的方式，一般终验与初验之间的时间间隔在三个月以上，这样可以保证信息系统的质量在实际运行中得到考验。
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对于跨年度的工程项目，为核实工程年度成本拨款，每次年终应当进行一次年终结算，清算当年的建设价款。各分包单位将工程量统计资料提交给总承包单位，总承包单位将工程量汇总表提交监理，由监理审核，并经建设单位确认后结算年度工程价款。
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（1）由承建单位向建设单位有关管理人员提交工程款支付申请，所提交的材料包括应付款的范围说明、工程进度报告、工作量报告及资金使用报告。
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（2）由监理计量工程师综合审定工作量、资金投入及支付申请，审核时应参考质量监理工程师和现场监理人员的意见，对工程量进行综合评价。对于不符合质量要求的，应当予以驳回。
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（3）如果承建单位未达到工程建设目标，监理将驳回承建单位要求支付工程款的请求，并由监理单位出具拒付报告交承建单位和建设单位。
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（4）审核合格后，由总监理工程师签署审批，向建设单位发出《工程款支付意见》。
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对于设计变更及洽商款、索赔款的支付，监理工程师依据合同有关定额进行审核，确认应支付的工程设计变更索赔款等。审核后，由总监理工程师签发支付意见，报建设单位。
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当工程变更涉及费用增减时，由承建单位填写《工程变更费用报审表》报项目监理部。该表中的原设计工程量填写原概算部分数据，变更后工程量填写监理审核的变更后工程量，然后由监理工程师进行审核，总监理工程师审批并提交建设单位。经建设单位确认后的设计变更工程完成并经监理工程师验收合格后，按照正常的支付程序办理变更工程的工程费用支付手续。
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成本竣工结算是以实物量和货币为计量单位的，综合反映竣工验收的项目的建设成果和财务状况的总结性文件。它是项目的实际造价和成本效益的总结，是项目竣工验收报告的重要组成部分，是项目竣工验收和验收结果的反映，是对项目进行财务监督的手段。
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