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当系统分析员建立好系统逻辑模型后，系统用户要承担对该模型的评价任务。评价的主要内部包括：第一，建立的系统逻辑模型是否全面准确地反映了组织对信息系统的整体目标与功能的要求；第二，建立的系统逻辑模型是否反映了各级人员的具体的信息需求。在评价过程中，系统用户进行逻辑模型评价的方式主要是，和系统分析人员就系统逻辑模型充分的交换意见，反复讨论，并进一步提出用户的意见和建议，并必须最终使用户和系统分析人员对系统的逻辑功能达成共识。在此过程中，一定要遵循用户直接参与的原则，这是系统分析工作成功的关键，也是今后系统设计与实施阶段用户与系统建设的其他人员相互支持与配合的基础。
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在对系统逻辑模型进行评价的过程中，系统用户应该明确一个原则，就是系统分析工作追求的是有限目标。在信息系统建设中，由于用户单位各部门各类人员的信息需求和目标的多样性，往往造成有些目标和需求不一致，甚至相互冲突。例如，在工业生产企业中，生产部门常常希望销售部门能够尽早提供比较准确的产品市场需求信息，以便对产品的生产制定合理的安排，而销售部门则希望生产部门跟踪市场的变化来及时调整生产计划。而且，信息系统的建设是长期任务，不是一次项目开发就能够全部完成的。因此，在一次系统开发中，系统分析工作实现的目标是有限的，不可能把现有系统中所有问题都提出来，更不可能全部都去解决。一次系统开发只能满足用户的部分信息需求，做到各个相关用户大体满意，其他问题需要留待后续的系统开发项目再解决。所以，在系统分析中，既要明确本次系统开发项目要集中力量解决哪些问题，即“做什么”，也要清醒地认识这次开发中哪些问题暂时不去解决，即“不做什么”，明确系统开发任务的边界。信息系统各部分之间联系密切，如果系统开发的边界不明确，就可能造成系统开发任务在开发过程中不断扩展而使得主要任务难以完成。
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系统用户还应该理解，所有软件功能都是有成本的，业务人员所希望的某些软件特性可能在技术上行不通，或者实现它需要付出极高的代价，而某些需求则是在试图达到在操作环境中不可能达到的性能，或试图得到一些根本得不到的数据。此外，有些问题并不需要一个信息系统的解决方案，而是需要做一些管理上的调整，或者是做一些附加的培训，或者是对当前组织进行精简。
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