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第三个阶段的方法在综合考虑企业内外环境的情况下，以集成为核心，围绕企业战略需求进行的信息系统规划，主要的方法包括价值链分析法（Value-Chain Analysis, VCA）、战略一致性模型（Strategy Alignment Model, SAM）等。
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VCA方法视企业为一系列的输入、转换与输出的活动序列集合，每个活动都有可能相对于最终产品产生增值行为，从而增强企业的竞争地位。企业通过信息技术和关键业务流程的优化是实现企业战略的关键。企业通过在价值链过程中灵活地应用信息技术，发挥信息技术的控制作用、杠杆作用和乘数效应，可以增强企业的竞争能力。
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价值链是一种高层次的物流模式，由原材料作为投入资产开始，直至原料通过不同过程售给顾客为止，其中做出的所有价值增值活动都可以作为价值链的组成部分。
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完整价值链分析就是核心企业将其自身的作业成本和成本动因信息与供应链中节点企业的作业成本和成本动因信息联系起来共同进行价值链分析。具体来说，完整价值链分析的步骤如下：
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（1）把整个价值链分解为与战略相关的作业、成本、收入和资产，并把它们分配到“有价值的作业”中。
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（2）确定引起价值变动的各项作业，并根据这些作业，分析形成作业成本及其差异的原因。
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（3）分析整个价值链中各节点企业之间的关系，确定核心企业与顾客和供应商之间作业的相关性。
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（4）利用分析结果，重新组合或改进价值链，以更好地控制成本动因，产生可持续的竞争优势，使价值链中各节点企业在激烈的市场竞争中获得优势。
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（1）当企业利用VCA确定其战略方向时，VCA可帮助企业观察最重要的产品项目、产品品种和服务，并确定如何运用ECR，在以顾客价值为主要标准的情况下，最大限度地降低成本，并为贸易伙伴提供最有效的服务。
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（2）作为一种审计工具，VCA可以对企业的业绩作周期性的评估，从而判断在实施计划时其实际结果与目标是否吻合，这些目标既包括财务目标，也包括企业总的业绩改进目标。
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SAM模型也称为战略对应模型、战略策应模型。企业信息化战略投入的价值难以体现的首要原因在于企业的运营战略与IT战略之间缺少策应关系，其次是企业缺少一个动态的操作流程来保证运营战略与IT战略之间持久的策应关系。SAM作为一套进行IT战略规划的思考架构，帮助企业如何检查经营战略与信息架构之间的一致性。
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战略对应基本包括内容和过程两个方面。前者指信息系统战略规划与企业战略规划中需要达到的对应的要素，如组织结构、信息系统结构、信息技术基础设施、企业战略类型、管理模式、信息技术人员等；后者则是战略对应的实现途径，即企业战略规划与信息系统战略的集成方式。
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如下图所示，SAM模型把企业战略规划和信息化战略规划的关系划分为内、外两大部分。其中，外部区域是指企业所面临的外部竞争环境，如产品或IT市场等；内部区域包括企业组织结构、整体信息架构和业务流程等。模型由企业经营战略、组织与业务流程、信息技术战略、信息架构和流程4大领域构成。
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（1）企业经营战略是指一个企业对产品和市场在竞争领域的定位选择问题，包括企业目标、核心能力和管理制度3个方面。
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（2）信息技术战略是指企业在IT市场中的定位选择，包括企业对信息系统目标、信息系统能力和信息系统管理制度方面的选择。
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（3）组织与业务流程是指企业的内部资源，它对企业所选择的市场竞争战略提供有效的支持，体现资源整合战略规划，包括企业基础设施、业务流程、组织技能3个方面。
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（4）信息基础架构包括信息系统架构、信息技术流程和信息技术技能3个方面。
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SAM模型从系统论出发，基于了下述3个基本假设：经济业绩直接与管理能力相关；战略适配是动态的；有效的管理能平衡并贯穿4个领域。
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（3）提出解决问题的方法途径，定战略目标的实现方案。
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（4）根据所用理论模型对提出的方案进行定量测评，选择方案。
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