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系统分析是研制开发一个电子商务系统最重要的阶段，也是最困难的阶段。系统分析的好坏，直接影响到完成系统的质量、用户的满意度等，甚至直接影响项目的成功与否。
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系统分析阶段要回答的中心问题是系统要“做什么”，即明确系统功能。这个阶段的成果是逻辑模型。而系统设计阶段要回答的中心问题是系统要“怎么做”，即如何实现系统分析说明书中规定的系统功能。要根据实际技术条件、经济条件和社会环境条件等，确立系统实施方案，建立系统物理模型，具体包括界定系统的外部边界，说明系统的组成及其功能和相互关系，描述系统的处理流程，给出未来系统的结构等。
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模型是现实的一种抽象表示。一个电子商务系统的模型包括逻辑模型和物理模型两种。
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逻辑模型也称概念模型，它展示了系统是什么，能够做什么事情。逻辑模型与实现无关，它们独立于任何的技术实现来描述系统。逻辑模型说明了系统的本质。逻辑模型降低了由于过分关注技术细节而丢失业务需求所带来的风险，使我们可以少用技术性的语言与最终用户进行沟通。
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物理模型有时也称为技术模型，它展示了系统如何去做事情，即系统在实际上以及技术上是如何实现。它们是与实现相关的，反映了技术选择和所选技术的限制等。
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电子商务系统分析的主要任务就是在系统规划的指导下，通过对企业各部门，各业务的详细调查研究，深入研究现有系统的工作流程，分析用户的需求，得到新系统的逻辑设计方案，以解决系统“能做什么”的问题。需要注意的是：现有系统不只包括企业现有的可在计算机运行的信息系统，也包括企业现有的手工作业条件下的业务流程。
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系统分析阶段需要系统分析员和用户一起充分理解用户的需求，并把双方都认同的理解用书面文档（系统分析说明书）表达出来。而此系统分析说明书通过审核之后，将作为系统设计的依据和将来验收系统的依据。
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系统分析阶段的工作必须深入详细，充分调动用户的积极性，系统分析员要与用户精诚合作。除此之外，也需要使用一定的技术与工具。例如图表等，直观的图表既可以帮助系统分析员理清思路，也便于与用户交流。
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（1）现行系统详细调查。详尽的调查是系统分析与设计的基础。详细调查现行系统的基本情况和具体结构，并用一定的工具对现行系统进行形象的描述，这是系统分析最基本的任务。详细调查需要组织相关部门的业务人员、主管、系统分析员、系统设计人员的共同参与。系统分析人员要事先制订好调查计划，设计好调查问卷等。调查的具体方法包括阅读书面资料，实地考察，与业务人员进行面谈，发放调查表，请业务专家为系统分析员做专题报告等。
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（2）需求分析。需求分析在详尽调查的基础上进行分析和综合，并进行评价和检查，进而提出对目标系统的综合要求。主要包括功能需求、性能需求、资源和环境需求、可靠性需求、安全保密需求、用户界面需求、成本消耗与开发进度需求、预先估计的可扩展性需求等。
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（3）提出新系统逻辑模型。对新系统进行适当的文字说明，将已经得到的确切需求清晰准确地描述，并整理出系统分析报告。
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逻辑建模过程包括过程建模和数据建模。使用的工具分别为数据流图和数据字典。
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系统的设计就是在反映用户需求的逻辑方案的基础上，专注于系统的技术性和实现方面，科学合理地使用各种系统设计方法，得到一个详细的计算机系统方案。系统设计也被称为物理设计。
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系统设计的目标是在保证逻辑模型的实现的基础上，设计出一个易于理解，容易维护的系统，尽可能提高系统的各项指标，即系统的效率、质量、可靠性、可变性和经济性等。系统设计根据系统分析的结果，对新信息系统进行深入设计，设计出一套与改进后的管理体制及管理手段相适应的新的信息系统，并为系统实施阶段的程序设计、调试提供依据。
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