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用于系统规划的方法很多，这里主要介绍关键成功因素法（Critical Success Factors，CSF）、战略目标集转化法（Strategy Set Transformation，SST）和企业系统规划法（Business System Planning，BSP），这是用得最多的三种方法。其他还有企业信息分析与集成技术（BIAIT）、产出／方法分析（E/MA）、投资回收法（ROI）、征费法、零线预算法、阶石法等。
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它包含以下四个步骤：了解企业目标；识别关键成功因素；识别性能的指标和标准；识别测量性能的数据。
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关键成功因素法源自企业目标，通过目标分解和识别、关键成功因素识别、性能指标识别，一直到产生数据字典。这好像建立了一个数据库，一直细化到数据字典，因而有人又把这种方法用于数据库的分析与建立。关键成功因素就是要识别联系与系统目标的主要数据类及其关系，识别关键成功因素所用的工具是树枝因果图。
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关键成功因素法在高层应用一般效果好，因为每一个高层领导人员日常总是在考虑什么是关键因素。对中层领导来说一般不太适合，因为中层领导所面临的决策大多数是结构化的，其自由度较小，对他们最好应用其他方法。
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这种方法把企业的战略目标看成是一个“信息集合”，由使命、目标、战略和其他战略变量（如管理的复杂性、改革习惯以及重要的环境约束）等组成。应用系统的战略规划过程是把组织的战略目标转变为应用系统战略目标的过程。
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这个方法的第一步是识别企业的战略集，先考察一下该企业是否有写成文的战略或长期计划，如果没有，就要去构造这种战略集合。可以采用以下步骤：①描绘出企业各类人员结构，如卖主、经理、雇员、供应商、顾客、贷款人、政府代理人、地区社团及竞争者等；②识别每类人员的目标；③对于每类人员识别其使命及战略。当企业战略初步识别后，应立即送交企业有关领导审阅和修改。
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第二步是将组织战略集转化成电子商务应用系统战略。应用系统战略应包括系统目标、系统约束以及开发策略和设计原则等。这个转化的过程包括对企业战略集的每个元素识别对应的应用系统约束，然后提出整个应用系统的结构。
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企业系统规划法是通过全面调查，分析企业信息需求，制定应用系统总体方案的一种方法。它有四个基本步骤：
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（1）确定各级管理的统一目标，各个部门的目标要服从总体目标。通过对企业管理目标的定义，才能界定应用系统的目标。
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（2）识别企业过程。这是BSP方法的核心。企业过程定义为逻辑上相关的一组决策和活动的集合。识别企业过程可对企业如何完成其目标有深刻的了解，并且有助于定义系统的功能和信息的流程。识别企业过程的步骤是：画过程流程图；写每一过程说明；过程分组；为过程组写说明；过程与组织相关；识别关键过程；修改、确认过程。
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（3）定义数据类。在识别企业过程的基础上，分析每一个过程利用什么数据，产生什么数据，或者说每一过程的输入和输出数据是什么。将所有的数据分成若干大类。
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在这一步骤中重点是分析数据实体及其相互之间的联系，按照各层管理人员和业务人员的管理经验和一些形式化方法，对数据实体进行聚集分析，将联系密切的实体划分在一起，形成一些实体组，即数据类。这些实体组内部的数据实体之间联系密切，而与外部实体联系很少，它们是划分数据类的依据，进而在数据类的基础上建立起主题数据库模型，为企业的不同管理需求提供必要的、稳定的、共享的总体数据模型。
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（4）定义信息结构。定义信息结构也就是划分子系统，确定应用系统各个部分及其相关数据之间的关系。BSP方法是根据信息的产生和使用来划分子系统的，它尽量把信息产生的企业过程和使用的企业过程划分在一个子系统中，从而减少了子系统之间的信息交换。
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具体的做法是用，U表示使用（Use），C表示产生（Create）。U/C矩阵的最左列是第二步识别出的企业过程，最上一行是第三步归纳出的数据类。如果某过程产生某数据，就在某行某列矩阵元中写C；如果某过程使用某数据，则在其对应矩阵元中写U。开始时数据类和过程是随机排列的，U、C字母在矩阵中排列也是分散的。我们调整过程和数据类的顺序，尽量使C和U字母集中到对角线上排列，然后把字母U和C比较集中的区域用粗线条框起来，这样形成的框就是一个个子系统。在粗框外的U表示一个系统使用另一个子系统的数据。这样就完成了子系统划分，并确定了信息结构。划分好子系统后，应对这个子系统内容进行分析和说明，并把它们写成文档。
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前面讲到了三种系统规划的方法，下面对它们进行比较。
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CSF（关键成功因素法）能抓住主要矛盾，使目标的识别突出重点。由于经理们比较熟悉这种方法，用这种方法所确定的目标，经理们乐于努力去实现。该方法最有利于确定企业的管理目标。
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SST（战略目标转化集法）从另一个角度识别管理目标，它反映了各种人的要求，而且给出了按这种要求的分层，然后转化为应用系统目标的结构化方法。它能保证目标比较全面，疏漏较少，但它在突出重点上不如前者。
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BSP（企业系统计划法）虽然也首先强调目标，但它没有明显的目标导引过程。它通过识别企业“过程”引出了系统目标，企业目标到系统目标的转换时通过企业过程／数据类等矩阵的分析得到的。由于数据类也是在企业过程基础上归纳出的，所以我们说识别企业过程是BSP战略规划的中心，决不能把BSP方法的中心内容当成U/C矩阵。
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这三种方法也可能综合起来，把它叫做CSB方法（即CSF、SST和BSP结合）。这种方法先用CSF方法确定企业目标，然后用SST方法补充完善企业目标，并将这些目标转化为应用系统目标，用BSP方法校核两个目标，并确定应用系统结构，这样就补充了单个方法的不足。当然这也使得整个方法过于复杂，而削弱了单个方法的灵活性。可以说迄今为止电子商务应用系统总体规划没有一个十全十美的办法。由于总规划本身的非结构性，可能永远也找不到一个唯一解。进行任何一个系统的规划均不应照搬以上方法，而应具体情况具体分析，选择以上方法可取的思想，灵活运用。
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在总体规划中一定要强调数据位于系统的中心观念，即“数据中心”原理或“数据稳定性”原理。所谓“数据中心”原理是指，只要企业的性质和目标不变，它的数据类就是稳定的，任何经营管理活动都离不开对这些数据的存取。应用系统的开发应该面向数据类，而不应该面向处理过程，因为处理过程是多变的。尽管通过识别过程可以得到很多数据项，但开发新的应用系统时一定要明确数据模型是稳定的而处理是多变的基本原理和前提，在此基础上，尽量识别出企业的元数据和数据类。这样，电子商务应用系统就有较强的适应性。
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