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一般情况下，信息系统工程合同的具体条款由当事人各方自行约定。总的来说，应包括以下各项。
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（2）标的内容和范围。明确建设单位与承建单位（即甲、乙双方）的权利与义务，这是合同的主要内容。其中的权利与义务应对等，从而体现合同的公平原则，而不应偏向其中的任何一方。
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（3）项目的质量要求。通常情况下采用技术指标限定等各种方式来描述信息系统工程的整体质量标准以及各部分质量标准，它是判断整个工程项目成败的重要依据。作为监理单位，同样应以工程项目的质量要求来开展监理工作。另外，对于合同中的质量条款应具体注明规格、型号及适用的标准等，避免合同订立后因为适用标准是采用国家、地方、行业，还是其他标准等问题产生纠纷。
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（5）项目建设过程中的各种期限。明确承建单位提交有关基础资料的期限、项目的里程碑时间，以及项目的验收时间等重要期限。其中有关基础资料是指承建单位进行设计工作所依据的基础文件和相关背景资料等；里程碑是指在信息系统工程项目开发过程中的阶段性验收点，合同当事人双方应明确定义里程碑、里程碑的完成标准，以及完成的内容含义；验收是指对承建单位是否按照相关要求完成了项目的建设工作进行检查。需要特别注意的是，项目建设中如果出现里程碑的延误和不合格时，建设单位有权停止承建单位的开发，转向其他承建单位。
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（6）技术情报和资料的保密。明确约定双方都不得向第三方泄漏对方的业务和技术上的秘密，包括建设单位业务上的机密（例如，商业运作方式及客户信息等），以及承建单位的技术机密。为了提高保密意识，实现自我保护，双方可以另行订立一个《保密合同》，具体规定保密的内容以及保密的期限等。
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（7）风险责任的承担。明确项目的风险承担方式，是由建设单位承担，还是由承建单位承担，或者双方按比例分担。
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（8）技术成果的归属。信息系统工程项目中软件系统的著作权（Copy Right）和所有权不同。一般来说，建设单位支付开发费用之后，软件的所有权将转给建设单位，但软件的著作权仍然属于承建单位。如果要将软件著作权也转给建设单位或者双方共有著作权，则在合同中应明确写明相关条款。软件系统开发过程中，除合同条款另有说明外，已经完成的里程碑所涵盖的软件产品的所有权归当事人双方共有。为了防止发生知识产权方面的纠纷，对于项目中承建单位独立开发的软件系统，应在合同中明确写明承建单位承担软件系统的合法性责任；对于已经产品化的软件系统，则应当在合同中记载该软件的著作权登记版号。
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（9）验收的标准和方法。质量验收标准是一个关键的指标，如果双方的验收标准不一致，就会在系统验收时产生争议与纠纷。在某些情况下，承建单位为了获得项目也可能将信息系统的功能过分夸大，使得建设单位对信息系统功能的预期过高。另外，建设单位对信息系统功能的预期可能会随着自己对系统的熟悉而提高。为避免此类情况的发生，清晰地规定质量验收标准是必须的，而且对双方都是有益的。
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（10）价款、报酬（或使用费）及其支付方式。价款即建设单位为项目建设投入的资金情况，分为总体费用和分项费用。报酬即付给承建单位的酬金。建议分期支付价款和报酬，即以某一阶段的里程碑为标志，按一定比例交付。这样双方对项目每个阶段的实施范围以及验收的标准进行细化，使之具有可操作性和可度量性，有利于提高项目建设的质量。同时也能充分调动承建单位的积极性，并有效地保护建设单位的合法权益。
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（11）违约金或者损失赔偿的计算方法。合同当事人双方应当根据有关规定约定双方的违约责任，以及赔偿金的计算方法和赔偿方式。对于采用分期付款方式的项目，可以明确约定每个阶段达不到验收要求所实行的违约处罚措施。
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（12）解决争议的方法。该条款中应尽可能地明确在出现争议与纠纷时采取何种方式来协商解决。
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（13）名词术语解释。该条款主要对合同中出现的专用名词术语进行解释说明。
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信息系统工程合同经当事人各方约定，还可以包括相关文档资料、项目变更的约定及有关技术支持服务的条款等内容作为上述基本条款的补充，也可以用附件的形式单独列出。
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（1）相关文档资料。包括与履行合同有关的技术背景资料、可行性报告、技术评价报告、项目任务书、项目计划书、相关技术标准和规范文件等。
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（2）项目变更的约定。项目变更的范围包括资金、需求、期限及合同等的变更，该条款应明确每一种变更发生时通过何种方式进行处理，以减少产生争议和纠纷的可能性。
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（3）技术支持服务。该条款应明确由于承建单位建设质量所造成的技术性问题的解决方式及是否收费等。如果没有这个条款规定，就视为承建单位所有的维修服务都要另行收费。
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