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信息系统从概念上来看是由信息源、信息处理器、信息用户和信息管理者等四大部分组成，它们之间的关系如下图所示。
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信息源是信息的产生地，包括组织内部和外界环境中的信息，这些信息通过信息处理器的传输、加工、存储，为各类管理人员即信息用户提供信息服务，而整个的信息处理活动由信息管理者进行管理和控制，信息管理者与信息用户一起依据管理决策的需求收集信息，并负责进行数据的组织与管理，信息的加工、传输等一系列信息系统的分析、设计与实现，同时在信息系统的正式运行过程中负责系统的运行与协调。
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由此可见，信息用户是目标用户，信息系统的一切设计与实现都要围绕信息用户的需求；另一方面，信息管理者由于深谙信息系统的开发规律，则起到了一个明确需求、协调资源和分配资源的角色，显而易见，信息管理者的角色很重要。现在很多企业和组织设立首席信息主管（Chief Information Officer，CIO）,既反映了企业对信息资源的重视，也反映了企业家开始重视信息系统的开发规律和运行规律。
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由于信息系统是为管理决策服务的，而管理是分层的，可以分为战略计划、战术管理和作业处理三层，因此信息系统也可以从纵向相应分解为三层子系统。在企业内部，纵向层次的划分一般按行政级别划分，比如高级经理信息系统（供副总和董事以上人员使用）、中层经理信息系统（供部门经理，部门主管使用）和作业信息系统（供一般员工使用）。
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另一方面，一般管理又是按职能分条进行的，因而在每个层次上又可横向地分为研究与开发子系统、生产与制造子系统、销售与市场子系统、财务子系统、人力资源子系统等。每个子系统都支持业务处理到高层战略计划的不同层次的管理需求，一般来说，业务处理层所处理的数据量很大，加工方法固定，而高层的战略计划处理量较小，加工方法灵活，但比较复杂，因此可以将信息系统看成如下图所示的金字塔结构。在该图中，横向综合则是按三个层次划分子系统，纵向综合则是按具体的职能划分子系统。
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要注意的是，这里是按通常的理解划分为战略层，战术层与作业层三个层次。在企业的实际应用中，到底要划分多少层次还是根据企业的实际来确定。管理学的研究结果说明，如果管理的层次太少，则管理幅度过宽，容易产生各自为政；如果管理的层次太多，则管理幅度过窄，容易产生反应迟钝，滋生官僚主义。
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从信息技术的角度来看，信息系统无非是信息的输入、处理和输出等功能。因此，信息系统的功能结构从技术上来看可以表示为如下图所示的形式。所以，在开发信息系统时必须考虑这些具体功能的实现。有时还必须考虑细节，如信息的检索有指定检索和模糊检索；信息的统计有时要考虑按常规时间段如月、季统计，有时还要考虑按非常规时间段统计，如上月13号到本月13号的统计等；信息的存储既要考虑实时存储，又要考虑定期转存；信息的增加有时还要考虑让系统自动记录增加的时间点，以便对系统的操作进行追踪，等等。
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从信息用户的角度来看，信息系统应该支持整个组织在不同层次上的各种功能。各种功能之间又有各种信息联系，构成一个有机的整体及系统的业务功能结构。例如，一个企业的内部管理系统可以如下图所示。
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从图中可以看出，企业的信息系统分为7个子系统，除了完成各自的特定功能外，这7个子系统又有着大量的信息交换关系，其子系统之间的主要数据交换关系构成子系统之间的信息流，使得企业中的各类信息得到充分的共享，从而为企业的生产活动和管理，决策活动提供支持。
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通过从技术角度和业务角度分析信息系统的功能结构，应该知道，信息系统的实现不是一朝一夕的事情，必须经过长期的努力才能得以实现。因此，在信息系统的建设过程中必须首先进行总体规划，划分出子系统，规划出各子系统的功能及其相互之间的联系，然后再逐步予以实现，其中特别要重视子系统之间的联系。只有这样才能实现信息的共享，发挥信息资源的重要作用。
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信息系统是通过计算机、网络和软件协同作用完成一定目标的系统，如果说计算机和网络设备是信息系统的躯干的话，那么，软件则是信息系统的血肉。软件在信息系统中的组织或联系，称为信息系统的软件结构。
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信息系统开发与应用中使用到的软件有：操作系统、数据库管理系统、程序设计语言、网络软件、项目管理软件、应用软件以及其他工具软件等。这里应用软件是信息系统的灵魂，工具软件是保证信息系统正常或加速开发、正常或加强维护的手段，如杀毒软件、压缩工具软件、辅助开发工具软件、网络管理软件等。
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对于上图中提到的企业管理信息系统，有着如下图所示的软件结构。在图中，操作系统、通信与网络软件处于底层，数据库管理系统处于第二层，管理着信息系统的公用数据库和各子系统的专用数据库。在数据库层上则是按照功能划分的七个应用程序子系统，分别是：行政信息子系统、研发信息子系统、生产信息子系统、营销信息子系统、财务信息子系统、人事信息子系统和物流信息子系统。这些信息系统按照层次又可从纵向上分别划分为战略计划，战术管理和业务处理这样三个层次。这些应用子系统程序的执行过程中可以调用公共应用程序和相应的模型、方法。这些公用应用程序和公用模型独立出来，可以提高系统的开发速度，增强系统的可重用性和抗干扰性。应用程序的开发和运行需要程序设计语言以及其他开发工具的支持。在图中的左下角的三角形里，标注的是项目管理软件。之所以在这么一个重要的位置标注，是因为信息系统的开发也是一个项目的事实，一定要用项目管理思想来指导，最好能有相应的项目管理软件对信息系统开发的进度、质量和成本进行把关。
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信息系统的硬件结构，又称为信息系统的物理结构或信息系统的空间结构，是指系统的硬件、软件、数据等资源在空间的分布情况，或者说避开信息系统各部分的实际工作和软件结构，只抽象地考查其硬件系统的拓扑结构。信息系统的硬件结构一般有三种类型：集中式的、分布式的和分布-集中式的，如下图所示。
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信息资源在空间上集中配置的系统称为集中式系统。以配有相应外围设备的单台计算机为基础的系统就是典型的集中式系统。面向终端的多用户系统也是将系统的硬件、软件、数据和主要外围设备集中于一套计算机系统中，分布在不同地点的多个用户通过设在当地的分时终端享用这些资源。距离较远的用户可通过调制解调器和通信线路实现与主机通信。
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集中式是信息系统早期的结构，现在已基本上被淘汰。它的优点是：信息资源集中，便于管理；缺点是主机价格昂贵，维护困难，并且运行效率低，一旦出故障，容易造成整个系统的瘫痪。
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由于系统内部有某些大而复杂的处理过程，微型机难以胜任，故采用一台或几台小型／超小型计算机作为整个系统的主机和信息处理交换的中枢，外加若干微电脑和网络构成。
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分布-集中式的优点是数据部分（需共享的部分）集中，便于管理，各个工作站间相互独立，独立处理各自的业务，必要时又是一个整体，可相互传递信息，共享数据；缺点是因有小型机在内，故价格相对较高，系统维护较困难。
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利用计算机网络把分布在不同地点的计算机硬件、软件、数据等资源联系在一起服务于一个共同的目标而实现相互通信和资源共享，就形成了信息系统的分布式结构。
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除实现不同地点的硬件、软件、数据等资源共享外，分布式结构的系统的另一个主要特征是各地与计算机网络系统相连的计算机系统既可以在计算机网络系统的统一管理下工作，又可脱离网络环境利用本地信息资源独立工作。
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利用计算机局域网可以组成分布式信息系统。服务器中装有网络操作系统、数据库管理系统及其开发工具等，并配有相应的外围设备，如打印机、绘图机、外存储器等。分布在各地的网络结点上的计算机系统在网络操作系统的管理下可以共享网络系统上的信息资源。
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分布式结构系统的优点是：可以根据应用需要和存取方式来配置信息资源；有利于发挥用户在系统开发、维护和信息资源管理方面的积极性和主动性，提高了系统对用户需求变更的适应性和对环境的应变能力；系统扩展方便，增加一个网络结点一般不会影响其他结点的工作，系统建设可以采取逐步扩展网络结点的渐进方式，以合理使用系统开发所需的资源；系统的健壮性好，网络上一个结点出现故障一般不会导致全系统瘫痪。
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分布式结构系统的缺点是：由于信息资源分散，系统开发、维护和管理的标准、规范不易统一；配置在不同地点的信息资源一般分属信息系统的各子系统，不同子系统之间往往存在利益冲突，管理上协调有一定难度；各地的计算机系统工作条件与环境不一，不利于安全保密措施的统一实施。
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现在企业组织结构正朝小型化，扁平化，网络化方向发展，信息系统必须适应这一发展。20世纪80年代以来，随着计算机网络与通信技术的迅速发展，分布式系统已经成为当前信息系统结构的主流模式。有时根据需要，在一个网络系统中可把分布式和集中式两类结构结合起来，网络上部分结点采用集中式（分时终端）结构，其余的按分布式配置。
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