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UNIX文件系统采用树形带交叉勾连的目录结构，根目录即为"/"，非叶节点是目录文件，叶节点可以是目录文件，也可以是文件或特殊文件。目录是一个包含目录项的文件，在逻辑上可以认为每一个目录项都包含一个文件名，同时还包含说明该文件属性的信息。某些UNIX文件系统限制文件名的最大长度为14个字符，BSD版本则将这种限制扩展到了255个字符。
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UNIX文件系统结构由四部分组成，即引导块、超级块、索引节点区和数据存储区。
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.引导块：占据文件系统的开头，通常占用一个物理块，包含引导代码段。
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.索引节点区：第一个索引节点就是文件系统的根索引节点，当执行mount命令后，该文件系统的目录结构就可以从这个根索引节点开始进行存取。
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