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文件的结构是指文件的组织形式，从用户角度所看到的文件组织形式，称为文件的逻辑结构；从实现角度考察文件在辅助存储器上的存放方式，常称为文件的物理结构。
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一般文件的逻辑结构可以分为两种：无结构的字符流文件和有结构的记录文件，后者也称为有格式文件。
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在UNIX系统中，所有的文件都被看作是流式文件，系统不对文件格式进行处理。
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文件的物理结构是指文件的内部组织形式，也就是文件在物理存储设备上的存放方法。常用的文件物理结构有以下3种。
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顺序结构又称连续结构。这是一种最简单的物理结构，它把逻辑上连续的文件信息依次存放在连续编号的物理块中。只要知道文件在存储设备上的起始地址（首块号）和文件长度（总块数），就能很快地进行存取。这种结构的优点是访问速度快，缺点是很难增加文件的长度。
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链接结构将逻辑上连续的文件分散存放在若干不连续的物理块中，每个物理块设有一个指针，指向其后续的物理块。只要指明文件的第一个块号，就可以利用链接指针检索整个文件。这种结构的优点是文件长度容易动态变化，缺点是不适合随机存取访问。
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采用索引结构时，系统为每个文件建立一张索引表，索引表中每一表项指出文件信息所在的逻辑块号和与之对应的物理块号。
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对一些大的文件，索引表的大小超过一个物理块时，就会发生索引表的分配问题。一般采用多级（间接索引）技术，这时由索引表指出的物理块中存放的不是文件信息，而是存放文件信息的物理块地址。这样，如果一个物理块能存储n个物理块地址，则一次间接索引，可寻址的文件长度将变成n×n块。
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UNIX文件系统采用三级索引结构，文件系统中的inode是基本的构件，它表示文件系统树形结构的节点。分为四种寻址方式：直接寻址、一级间接寻址、二级间接寻址和三级间接寻址。
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