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目前，版权保护是数字水印应用中最主要的用途。其目的是嵌入数据的来源信息与其他有意义的信息，从而防止其他团体对该数据声称拥有版权，这样水印可以公正地解决所有权问题。这样的应用同时也要求水印有相当好的鲁棒性，除了鲁棒性之外还有其他待考虑的方面，例如水印必须是清晰的，以保证当其他人嵌入其他水印后仍能标志其真正的所有者。
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其目的是传输合法接收者的信息，主要用来识别数据的单个发行备份。例如软件产品的序列号对于监控和跟踪流通数据的非法复制非常有用。这类应用中发行的每个复制嵌入了不同的水印，通常称为数字指纹，对于每个复制各自嵌入水印的情况，因为它们的发行要面临共谋攻击的危险，所以嵌入水印应该设计成对共谋攻击而言是安全的。数字指纹应用中的水印也需要有很高的鲁棒性，不仅要能抵抗恶意攻击，还要能够抵抗一些标准数据的处理。
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多媒体的发行体系希望存在一个复制保护机制，即发行的数据不允许未经授权的媒体复制，而这在开放系统中是很难实现复制保护的。所以，可以使用水印说明数据的复制情况。如在DVD系统中，数据中的水印含有复制信息。一个符合要求的DVD播放器不允许复制有“禁止复制”水印的数据，而带有“一个复制”水印的数据可以被复制，但不允许从该复制再进一步制作复制。
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在鉴定应用中，使用水印的目标是对数据的修改进行检测，它对特定的修改（如压缩）有弱鲁棒性，而对其他的修改则具有破坏性。此外，根据不同的数据类型和应用，相应的鲁棒性要求也会有所不同。不过，在所有的水印应用中，用于鉴定的水印对鲁棒性的要求最低，例如块平均或边缘特性之类的数据属性会被嵌入到图像中，以验证接收到的图像是否还有同样的属性。
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