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在确定中标人后，即进入合同谈判阶段。合同谈判的方法一般是先谈技术条款，后谈商务条款。
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.技术谈判：包括合同技术附件内容、合同实施技术路线、质量评定标准、采购设备以及人员投入开发的比重等。
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.商务谈判：包括投标价的优惠条件、质量工期服务违约处罚、其他需要谈判的内容。
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招标人和中标人应当签订书面合同，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
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对于系统集成类的技术合同，一般应包括：项目名称；标的内容、范围和要求；履行的计划、进度、期限、地点、地域和方式；技术文档和资料的保密；风险责任的承诺；技术成果的归属和收益的分成方法；验收标准和方法；价款、报酬或使用费及支出方式；违约金或损失赔偿方法；解决争议的方法；名词术语的解释等。
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如果中标人不同意按照招标文件规定的条件或条款按时进行签约，招标人有权更换中标人，从中标候选人中选择中标人与其签约。
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